Semenjak Kementerian Agama telah mencanangkan pembangunan Zona Integritas menuju Wilayah Bebas Korupsi (WBK) pada Desembar 2012 lalu dan telah diterbitkannya Instruksi Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2012 tentang Pelaksanaan Pembangunan Zona Integritas Menuju Wilayah Bebas dari Korupsi dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani di Lingkungan Kementerian Agama, maka sebagai langkah awal pelaksanaan Pembangunan Zona Integritas tersebut, maka berdasarkan KMA Nomor 265 Tahun 2015 tentang Penetapan Satuan Kerja Sebagai Pilot Project Pembangunan Zona Integritas Menuju WIlayah Bebas Dari Korupsi dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani Pada Kementerian Agama ditunjuklah beberapa satker di lingkup Kementerian Agama RI sebagai pilot project pembangunan Zona Intergritas tersebut, salah satunya adalah Kantor Kementerian Agama Kabupaten Wonosobo.
Berdasarkan Permenpan dan RB Nomor 60 Tahun 2012 tentang Pedoman Pembangunan Zona Integritas Menuju WBK dan WBBM di Lingkungan Kementerian/Lembaga dan Pemerintah Daerah, proses pembangunan zona integritas dilaksanakan melalui penerapan program yang terdiri atas 20 (dua puluh) kegiatan yang bersifat konkrit yang akan diukur melalui indikator proses yang dievaluasi oleh Tim Menpan RB dan APIP yang dalam hal ini Inspektorat Jenderal Kemenag RI. Artinya, untuk mewujudkan Kementerian Agama sebagai wilayah yang bebas korupsi, serta menjadikan birokrasinya bersih dan melayani, ada 20 kegiatan konkrit yang harus dilaksanakan, yaitu: 1) penandatangan dokumen pakta integritas; 2) pemenuhan kewajiban LHKPN / LHKASN; 3) pemenuhan akuntabilitas kinerja; 4) pemenuhan kewajiban pelaporan keuangan; 5) penerapan disiplin PNS; 6) penerapan kode etik khusus; 7) penerapan kebijakan pelayanan publik; 8) penerapan whistle blower system tindak pidana korupsi; 9) pengendalian gratifikasi; 10) penanganan benturan kepentingan; 11) kegiatan pendidikan/pembinaan dan promosi anti korupsi; 12) pelaksanaan saran perbaikan yang diberikan oleh BPK/KPK/APIP; 13) penerapan kebijakan pembinaan purna tugas; 14) penerapan kebijakan pelaporan transaksi keuangan yang tidak sesuai dengan profile oleh PPATK; 15) rekrutmen secara terbuka; 16) promosi jabatan secara terbuka; 17) mekanisme pengaduan masyarakat; 18) pelaksanaan pengadaan barang dan jasa secara elektronik; 19) pengukuran kinerja individu sesuai dengan ketentuan yang berlaku; dan 20) keterbukaan informasi publik.
Dengan penerapan program dan kegiatan tersebut diatas ,maka satuan kerja (satker) Kementerian Agama, pusat maupun daerah, secara bertahap akan segera melaksanakan secara konsisten program Wilayah Bebas Korupsi (WBK), dan Wilayah Birokrasi yang Bersih dan Melayani (WBBM).
Dalam pelaksanaan pembangunan Zona Integritas tersebut, maka korelasi penerapan 5 nilai budaya kerja dan program WBK & WBBM sangatlah erat, dan akan secara konsisten dilaksanakan Kemenag baik satker pusat maupun daerah secara bertahap. Dalam pembangunan Zona Integritas di Lingkungan Kemenag ini juga menegaskan perlunya penerapan Pelayanan Prima juga tentang Pengaduan Masyarakat yang harus terfasiltasi secara baik dan mudah.