Pernyataan dari BKN ada 7000 PNS Kementerian Agama yang BODONG dan merugikan negara, ditampik “singkat” oleh Kepala Biro Kepegawaian Mahsusi pada tanggal 29 April 2016, beliau menyampaikan bahwa “Kami menyatakan bahwa isi berita tentang 7000 PNS Kemenag bodong adalah tidak benar. Kami pastikan juga bahwa tidak terdapat kerugian negara,” dalam pernyataannya beliau juga mengangkat data Otentik mengenai kepegawaian di lingkungan Kementerian Agama RI sebagai berikut, pertama, telah ditetapkan NIP bagi tenaga honorer K2 olehBKN sejumlah 4.324 orang, namun SK CPNS nya masih dalam proses penerbitan oleh satuan kerja yang berwenang. Karenanya, mereka belum menerima gaji maupun tunjangan.
Kedua, PNS yang telah mengundurkan diri (176 orang), meninggal dunia (456), pensiun (1.415), batal diangkat CPNS (55), dan pindah ke luar instansi Kementerian Agama (81). Jumlah totalnya 2.489 orang. “Semuanya telah dikeluarkan dari data SIMPEG Kementerian Agama sehingga tidak lagi menjadi bagian data pegawai aktif. Karenanya, kepada yang bersangkutan juga tidak dibayarkan gaji, tunjangan, dan lain-lain,” jelasnya. Ketiga, PNS aktif dan masih bekerja namun tidak bersedia untuk mendaftar e-PUPNS dengan berbagai macam alasan, sebanyak 188 orang. Kepada mereka, Biro Kepegawaian Kemenag terus mendorong agar segera mendaftar ke e-PUPNS. Dalam penegasannya Kementerian Agama akan mengundang KPK dalam penjelasan data dan penjaringan melalui ePUPNS dan serta memberikan langsung oleh KemenPAN-RB untuk menghandel hal ini.