Seksi dan Penyelenggara
Seksi dan penyelenggara yang ada di Kemenag Kabupaten Wonosobo:
Sub Bagian Tata Usaha
Melakukan koordinasi perumusan kebijakan teknis dan perencanaan, pelaksanaan pelayanan dan pembinaan administrasi, keuangan dan barang milik negara di lingkungan Kantor Kementerian Agama berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Kementerian Agama
Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
Bertanggung jawab terhadap seluruh pelayanan terhadap masyarakat beragama islam di kabupaten bantul, baik itu permohonan rohaniawan, musholla dan masjid, keluarga sakinah dan urusan agama islam lainnya serta mengawas seluruh KUA yang ada di Kabupaten Wonosobo
Seksi Pendidikan Madrasah
Bertanggung jawab terhadap pendidikan di seluruh madrasah baik madrasah negeri dan swasta yang ada di Kabupaten Wonosobo, baik urusan siswa/ siswa, tenaga pendidik serta tenaga kependidikan, Kurikulum dan evaluasi, serta Sarpras
Seksi PAIS
Bertanggung jawab terhadap keberlangsungan pendidikan agama islam yang berada di sekolah-sekolah dibawah wewenang dinas pendidikan di Kabupaten Wonosobo mulai dari tingkat Tk, SD, SMP dan SMA/SMK.
Seksi Pondok Pesantren
Bertanggung jawab terhadap Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren yang ada di Kabupaten Wonosobo, baik urusan perijinan, administrasi hingga bantuan sosial
Seksi Haji dan Umroh
Bertanggung jawab terhadap perjalanan Ibadah Haji dan Umroh jamaah, baik mulai pendaftaran, keberangkatan dan pemulangan ibadah haji dan mengontrol travel umroh di Kabupaten Wonosobo
Penyelenggara Katolik
Bertanggung jawab terhadap penyelenggaran Pendidikan Masyarakat Katolik, dll
Penyelenggara Zakat Wakaf
Bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan Zakat, Wakaf dan Produk Halal yang ada di Kabupaten Wonosobo serta berpartner dengan Badan Wakaf Indonesia (BWI) dan Majelis Ulama Indonesia (MUI)